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TADCompare
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TADCompare
TADCompare:鉴别和描述差分TADs
Bioconductor版本:发行版(3.16)
TADCompare是一个R包，用于识别和描述多个Hi-C接触矩阵之间的差异拓扑相关域(TADs)。它包含用于在两个数据集之间查找差异tad的函数，随着时间的推移查找差异tad，并在多个矩阵中识别共识tad。它采用所有主要类型的HiC输入，并返回简单、全面、易于分析的结果。
作者:Kellen Cresswell
维护者:Kellen Cresswell
引文(从R内，输入引用(“TADCompare”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TADCompare”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 基因本体富集分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 输入数据格式 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 两种条件的TAD比较 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 聚类，FeatureExtraction，嗝，测序，软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | dplyr，PRIMME，集群，矩阵，magrittr，HiCcompare，ggplot2，tidyr，ggpubr，RColorBrewer，reshape2，cowplot |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，微基准测试，testthat，covr，pheatmap，rGREAT，SpectralTAD |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/dozmorovlab/TADCompare |
| BugReports | https://github.com/dozmorovlab/TADCompare/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TADCompare_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TADCompare_1.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | TADCompare_1.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TADCompare_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TADCompare |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TADCompare |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TADCompare/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
