SummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:发行版(3.15)

summarizeexperiment容器包含一个或多个测试，每个测试都由一个numeric或其他模式的类似矩阵的对象表示。行代表感兴趣的基因组范围，柱代表样本。

作者:Martin Morgan, Valerie Obenchain, Jim Hester, Hervé Pagès

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" summarizeexperiment ")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	1.协调实验分析、样品和感兴趣区域的总结实验
超文本标记语言	R脚本	2.扩展summarizeexperiment类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.26.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，MatrixGenerics(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.41.5),Biobase
进口	跑龙套、统计数据、工具,矩阵，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.33.7),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),DelayedArray(> = 0.15.10)
链接
建议	HDF5Array(> = 1.7.5),注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，jsonlite，rhdf5，气道(> = 1.15.1),BiocStyle，knitr，rmarkdown，RUnit，testthat，消化
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment
BugReports	https://github.com/Bioconductor/SummarizedExperiment/issues
取决于我	AffiXcan，气道，AllelicImbalance，ASpediaFI，atena，bambu，BDMMAcorrect，benchmarkfdrData2019，BiocSklearn，BioPlex，BiSeq，bnbc，bodymapRat，BrainSABER，bsseq，CAGEfightR，celaref，celldex，clusterExperiment，compartmap，CoreGx，coseq，csaw，CSSQ，ctgGEM，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，curatedMetagenomicData，DaMiRseq，德科，deepSNV，DeMixT，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffcoexp，diffHic，散度，DMCFB，DMCHMM，DREAM4，ENmix，EnrichmentBrowser，epigenomix，evaluomeR，EventPointer，exomePeak2，ExperimentSubset，ExpressionAtlas，extraChIPs，盛宴，裂变，弗雷泽，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，GenomicSuperSignature，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，HDCytoData，HelloRanges，爱马仕，HighlyReplicatedRNASeq，hipathia，HMP16SData，IgGeneUsage，InTAD，InteractionSet，感兴趣，iSEE，isomiRs，ivygapSE，lefser，lipidr，LoomExperiment，Macarron，made4，MatrixQCvis，工商管理硕士，MetaGxOvarian，MetaGxPancreas，methrix，methylPipe，MethylSeqData，MetNet，米娅，miaSim，miaViz，microbiomeDataSets，microRNAome，minfi，miRmine，moanin，MouseGastrulationData，MouseThymusAgeing，mpra，MultiAssayExperiment，NADfinder，NBAMSeq，NewWave，ObMiTi，先驱者，莲花，parathyroidSE，PDATK，PhIPData，profileplyr，qmtools，qsvaR，重新计票，recount3，RegEnrich，REMP，restfulSE，restfulSEData，ROCpAI，rqt，runibic，sampleClassifierData，Scale4C，scAnnotatR，scGPS，司康饼，scTreeViz，SDAMS，SeqGate，SGSeq，signatureSearch，SingleCellExperiment，singleCellTK，单，soGGi，spatialDmelxsim，spqn，spqnData，sRACIPE，ssPATHS，经验丰富的人，SummarizedBenchmark，survtype，tidySummarizedExperiment，timecoursedata，TimeSeriesExperiment，TissueEnrich，TNBC。CMS，TREG，肺结核，UMI4Cats，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantExperiment，伶盗龙，weitrix，山药，zinbwave
进口我	亚当，ADImpute，aggregateBioVar，airpart，ALDEx2，高山，微生物，anota2seq，APAlyzer，apeglm，APL，appreci8R，亚瑟士，ASURAT，AUCell，自治，awst，barcodetrackR，基础知识，后面;，BayesSpace，bayNorm，BBCAnalyzer，啤酒，benchdamic，bigPint，BiocOncoTK，BioNERO，biotmle，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，blacksheepr，BloodCancerMultiOmics2017，BloodGen3Module，brgedata，BRGenomics，BUMHMM，BUScorrect，BUSseq，卡昂，篮球选手，催化剂，CBEA，cBioPortalData，ccfindR，celda，CelliD，CellMixS，CellTrails，censcyt，Cepo，CeTF，印度豹，ChIPpeakAnno，ChromSCape，chromVAR，CiteFuse，CLLmethylation，clustifyr，cmapR，CNVfilteR，CNVRanger，coexnet，CoGAPS，comapr，结合，conclus，调味品，consensusDE，CopyNumberPlots，科拉尔，COSMIC.67，countsimQC，curatedTCGAData，cydar，CyTOFpower，cytoKernel，cytomapper，DAMEfinder，dasper，debCAM，debrowser，DEComplexDisease，decompTumor2Sig，反编排，DEGreport，deltaCaptureC，部，DEScan2，命运，DEWSeq，diffcyt，DifferentialRegulation，diffUTR，恐龙，DiscoRhythm，截然不同的，dittoSeq，DMRcate，DominoEffect，doppelgangR，定量给料器，DropletUtils，沙丘，easierData，easyRNASeq，eisaR，埃尔默，emtdata，ensemblVEP，epialleleR，epigraHMM，epimutacions，epistack，epivizrData，erma，逃避，EWCE，ExpHunterSuite，FCBF，fcScan，FieldEffectCrc，FindIT2，鱼池，火焰，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，fluentGenomics，空对空导弹，gCrisprTools，GeneTonic，genomicInstability，getDEE2，ggbio，ggspavis，Glimma，glmGamPoi，glmSparseNet，GNET2，GRaNIE，GreyListChIP，gscreend，GSE13015，GSVA，gwasurvivr，GWENA，HMP2Data，HTSeqGenie，HumanTranscriptomeCompendium，蜂鸟，iasva，icetea，理想的，IHWpaper，ILoReg，imcRtools，infercnv，检查，InterMineR，iSEEu，iteremoval，花边，LineagePulse，lineagespot，lionessR，MADSEQ，梅，马尔，桅杆，mbkmeans，MBQN，mCSEA，餐，肉，MEB，MetaboAnnotation，metabolomicsWorkbenchR，MetaGxBreast，MetaNeighbor，metaseqR2，MethReg，MethylAid，methylscaper，methylumi，MicrobiotaProcess，midasHLA，miloR，MinimumDistance，miRLAB，miRSM，missMethyl，MLSeq，蒙娜丽莎，MoonlightR，motifbreakR，motifmatchr，MPRAnalyze，MsFeatures，msgbsR，MSPrep，msqrob2，MuData，MultiDataSet，multiOmicsViz，mumosa，马斯喀特，musicatk，MWASTools，NanoMethViz，Nebulosa，netSmooth，nnSVG，NoRCE，NormalyzerDE，NxtIRFcore，oligoClasses，omicRexposome，OmicsLonDA，omicsPrint，omicsViewer，oncomix，ORFik，OVESEG，PAIRADISE，pairkat，pcaExplorer，peco，PharmacoGx，phemd，phenopath，PhosR，pipeComp，pmp，POMA，POWSC，高伦雅芙，proDA，psichomics，pulsedSilac，PureCN，QFeatures，qsmooth，quantiseqr，R453Plus1Toolbox，RadioGx，RaggedExperiment，RareVariantVis，RcisTarget，receptLoss，regionReport，regsplice，rgsepd，rifi，Rmmquant，RNAAgeCalc，RNAsense，RnaSeqSampleSize，咆哮，RolDE，rScudo，RTCGAToolbox，研制，土星，SBGNview，SC3，SCArray，嘘，scBFA，scCB2，scDblFinder，scDD，scds，散粒，scmap，scMerge，scmeth，SCnorm，scoreInvHap，scp，scPipe，食物，scReClassify，scRepertoire，scRNAseq，颈背，用水晶球占卜，scTensor，scTGIF，天窗，sechm，裂殖体，seqCAT，芝麻，SEtools，sigFeature，SigsPack，SingleCellMultiModal，singscore，SingscoreAMLMutations，激流回旋，弹弓，snapcount，SNPhood，猎犬，SpatialCPie，spatialDE，SpatialExperiment，spatialHeatmap，spatialLIBD，spatzie，飞溅，SplicingFactory，srnadiff，sSNAPPY，standR，结构体，StructuralVariantAnnotation，supersigs，switchde，systemPipeR，systemPipeTools，TabulaMurisSenisData，TBSignatureProfiler，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCGAWorkflowData，TCseq，TEKRABber，tenXplore，tidybulk，tidySingleCellExperiment，烤面包，但在，ToxicoGx，tradeSeq，TrajectoryUtils，transformGamPoi，TraRe，traviz，TreeSummarizedExperiment，时尚的，三轮车，TSCAN，tscR，TSRchitect，TTMap，TVTB，tximeta，UCell，VAExprs，VariantFiltering，vidger，个字，xcms，zellkonverter，zFPKM
建议我	AlpsNMR，AnnotationHub，biobroom，BiocPkgTools，biotmleData，cageminer，CAGEWorkflow，curatedAdipoArray，curatedTBData，dcanr，dce，dearseq，解耦，DelayedArray，多萝西娅，DuoClustering2018，更容易，刨边机，EnMCB，epivizr，epivizrChart，esetVis，fobitools，GENIE3，GenomicRanges，globalSeq，GSE103322，gsean，杂环胺，HDF5Array，HPiP，Informeasure，InteractiveComplexHeatmap，interactiveDisplay，MatrixGenerics，MOFA2，MSnbase，奥得河，pathwayPCA，philr，podkat，pRolocdata，PSMatch，PubScore，RforProteomics，RiboProfiling，S4Vectors，SBGNview.data，scFeatureFilter，semisup，麻雀，关注的焦点，svaNUMT，svaRetro，systemPipeShiny，TFutils，tissueTreg，updateObject
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.26.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SummarizedExperiment_1.26.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SummarizedExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档