SplicingGraphs

DOI:10.18129 / B9.bioc.SplicingGraphs

创建，操作，可视化拼接图，并分配RNA-seq读取他们

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包允许用户基于给定生物的基因模型创建、操作和可视化拼接图及其气泡。此外，它允许用户将RNA-seq读取到一组拼接图的边缘，并以不同的方式总结它们。

作者:D. Bindreither, M. Carlson, M. Morgan, H. Pagès

维护人员:H. Pagès

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SplicingGraphs”)

PDF	R脚本	拼接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	AlternativeSplicing，注释，DataRepresentation，GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录，可视化
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicFeatures(> = 1.17.13),GenomicAlignments(> = 1.1.22),Rgraphviz(> = 2.3.7)
进口	方法，utils，图形，igraph，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.17.5),BiocParallel，IRanges(> = 2.21.2),GenomeInfoDb，GenomicRanges(> = 1.23.21),GenomicFeatures，Rsamtools，GenomicAlignments，图，Rgraphviz
链接
建议	igraph，Gviz，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs
BugReports	https://github.com/Bioconductor/SplicingGraphs/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SplicingGraphs_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.38.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SplicingGraphs_1.38.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SplicingGraphs_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingGraphs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SplicingGraphs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/
软件包下载报告	下载数据