SpectralTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpectralTAD

使用光谱聚类的分级TAD检测

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SpectralTAD是一个R包，设计用于从Hi-C接触矩阵中识别拓扑相关域(TADs)。它使用了光谱聚类的改进版本，使用滑动窗口快速检测TADs。该函数处理一系列不同格式的接触矩阵，并返回TAD坐标的床文件。该方法不需要用户调整任何参数来工作，并让他们控制要返回的层次级别的数量。

作者:Kellen creswell ， John Stansfield ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。在vcuhealth.org dozmorov >

维护者:Kellen creswell

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SpectralTAD")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SpectralTAD”)

超文本标记语言	R脚本	SpectralTAD
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，FeatureExtraction，嗝，测序，软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	dplyr，PRIMME，集群，矩阵平行,BiocParallel，magrittr，HiCcompare，GenomicRanges
链接
建议	BiocCheck，BiocManager，BiocStyle，knitr，rmarkdown，微基准测试，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/SpectralTAD
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/SpectralTAD/issues
取决于我
进口我
建议我	TADCompare
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SpectralTAD_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	SpectralTAD_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SpectralTAD_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SpectralTAD_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpectralTAD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpectralTAD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpectralTAD/
包下载报告	下载数据