光谱

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spectra

质谱数据的光谱基础设施

Bioconductor版本:发行版(3.15)

spectrum包定义了一个高效的存储和处理质谱的基础设施和功能子集，处理，可视化和比较谱数据。它提供了不同的实现(后端)来存储质谱数据。这些后端包括为快速数据访问和处理调优的后端和为非常大的数据集调优的后端，以确保较小的内存占用。

作者:rformassspectra软件包维护人员[cre]， Laurent Gatto [aut]，约翰内斯·莱纳[法国]，塞巴斯蒂安·吉布[au]， Jan Stanstrup [ctb]

维护者:rformassspectra Package Maintainer < rformassspectrometry.org>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Spectra")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“光谱”)

超文本标记语言	R脚本	光谱对象的描述和使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0),S4Vectors，BiocParallel，ProtGenerics(> = 1.25.1)
进口	方法,IRanges，MsCoreUtils(>= 1.7.5)，图形，grDevices，统计，工具，utils，fs，BiocGenerics
链接
建议	testthat，knitr(> = 1.1.0版),msdata(> = 0.19.3),roxygen2，BiocStyle(> = 2.5.19),mzR(> = 2.19.6),rhdf5(> = 2.32.0),rmarkdown，vdiffr(> = 1.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spectra
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spectra/issues
取决于我	MsBackendMassbank，MsBackendMgf，MsBackendMsp，MsBackendRawFileReader
进口我	CompoundDb，MetaboAnnotation，MobilityTransformR
建议我	MetNet，PSMatch，xcms
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Spectra_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Spectra_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Spectra_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spectra
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/光谱
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Spectra/
包下载报告	下载数据