SpatialFeatureExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialFeatureExperiment

整合SpatialExperiment科幻小说简单的特性

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个新的S4类将简单的特性与R包科幻将地理空间数据分析方法基于矢量数据空间转录组。还实现了空间社区管理图形和几何操作。这个行囊,构建在SpatialExperiment SingleCellExperiment,因此这些仍然可以使用父类的方法。

作者:λ摩西(aut (cre)黑色,Lior Pachter (aut)

维护人员:摩西λ< dlu2 caltech.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialFeatureExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpatialFeatureExperiment”)

HTML	R脚本	介绍SpatialFeatureExperiment类
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文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,软件,空间,转录组
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	BiocGenerics,BiocNeighbors,BiocParallel,grDevices矩阵方法、rjson rlang,S4Vectors科幻小说,SingleCellExperiment,SpatialExperiment7)spdep (> = 1.1,SummarizedExperiment、统计、terra跑龙套
链接
建议	BiocStyledplyr,DropletUtilsknitr,rhdf5rmarkdown sfarrow,SFEData发呜呜声,testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pachterlab/SpatialFeatureExperiment
BugReports	https://github.com/pachterlab/SpatialFeatureExperiment/issues
取决于我
进口我	“航行者”号
建议我	SFEData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpatialFeatureExperiment_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	SpatialFeatureExperiment_1.2.1.zip
macOS二进制(x86_64)	SpatialFeatureExperiment_1.2.1.tgz
macOS二进制(arm64)	SpatialFeatureExperiment_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialFeatureExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialFeatureExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpatialFeatureExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialFeatureExperiment/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档