SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

空间解析转录组学数据S4类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

定义一个S4类,用于存储空间分辨转录组学(ST)实验的数据。该类扩展了singlecel实验,以支持从基于点和基于分子的ST平台存储和检索额外的信息,包括空间坐标、图像和图像元数据。一个专门的构造函数包括来自10x Genomics Visium平台的数据。

作者:Dario Righelli [aut, cre], Davide Risso [aut], Helena L. Crowell [aut], lucas M. Weber [aut]

维护者:Dario Righelli < Dario。Righelli在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“SpatialExperiment”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SpatialExperiment”)

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细节

biocViews DataImportDataRepresentationGeneExpressionImmunoOncology基础设施SingleCell软件空间转录组
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 方法,SingleCellExperiment
进口 rjsongrDevices,魔法跑龙套,S4VectorsSummarizedExperimentDropletUtilsBiocGenericsBiocFileCache
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatBiocStyleBumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/drighelli/SpatialExperiment
BugReports https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
全靠我 ExperimentSubsetimcdatasetsimcRtoolsMerfishDataMouseGastrulationDataspatialLIBDSPIATSTexampleDataTENxVisiumDataVectraPolarisDataWeberDivechaLCdata
进口我 CTSVcytomapperggspavislisaClustnnSVGSingleCellMultiModalspaSimspatialDESpatialFeatureExperimentspicyRSpotCleanstandRstJoincount“航行者”号
建议我 GeomxTools关注的焦点
链接到我
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包档案

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源包 SpatialExperiment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 SpatialExperiment_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) SpatialExperiment_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) SpatialExperiment_1.7.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpatialExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialExperiment/
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