SparseSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SparseSignatures

SparseSignatures

Bioconductor版本:版本(3.17)

点突变发生在基因组可以分为96类基于变异的基础,基础是突变为及其两个侧翼基地。因此,对于任何一位病人,可以代表所有的点突变发生在病人的肿瘤作为一个向量的长度为96,其中每个元素表示的数突变对于一个给定的类别在病人。突变签名代表的模式诱变剂或诱变产生的突变细胞内的过程。每个签名也可以表示为一个向量的长度为96,其中每个元素表示这个诱变过程生成一个突变的概率96以上的类别。在这个R包中,我们提供了一组函数提取和可视化最解释变异的突变特征项大量患者。

作者:丹尼尔Ramazzotti (aut)刘,Avantika尔(aut),达摩克利[所有],卢卡·德·佐(cre, aut)罗伯特Tibshirani[所有]。艾伦Sidow (aut)

维修工:卢卡·德·佐< luca.desano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SparseSignatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SparseSignatures”)

HTML		v1_introduction.html
HTML	R脚本	v2_using_the_package.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,软件,SomaticMutation
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0), NMF
进口	data.table nnlasso nnls,平行,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,GenomeInfoDb,gridExtra ggplot2 reshape2
链接
建议	BiocGenerics,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,BiocStyle、testthat knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
BugReports	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SparseSignatures_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	SparseSignatures_2.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SparseSignatures_2.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SparseSignatures_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SparseSignatures
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SparseSignatures
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SparseSignatures/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SparseSignatures/
包下载报告	下载数据