猎犬

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spaniel

空间转录组学分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Spaniel包括一系列工具来帮助空间转录组数据的质量控制和分析。Spaniel可以从原始的空间转录组学系统或10X Visium技术导入数据。该包包含了创建singlecel实验Seurat对象的函数,并提供了将组织学图像加载到r中的方法。spanielPlot函数允许将包含在S4对象中的指标可视化覆盖到组织图像上。

作者:Rachel Queen [aut, cre]

维护者:Rachel Queen < Rachel。纽卡斯尔女王>

引文(从R内,输入引用(“猎犬”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“猎犬”)

超文本标记语言 R脚本 西班牙猎犬10X Visium
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类报道DataImportDataRepresentationGeneExpression基础设施归一化预处理质量控制RNASeq测序SingleCell软件转录组可视化
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 修拉SingleCellExperimentSummarizedExperimentdplyr、方法、ggplot2(> = 1.13),食物igraph闪亮的jpegmagrittr跑龙套,S4VectorsDropletUtilsjsonlitepng
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatdevtools
SystemRequirements
增强了
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全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 Spaniel_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 Spaniel_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) Spaniel_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) Spaniel_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spaniel
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Spaniel
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Spaniel/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Spaniel/
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