猎犬

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spaniel

空间转录组学分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Spaniel包括一系列工具来帮助空间转录组数据的质量控制和分析。Spaniel可以从原始的空间转录组学系统或10X Visium技术导入数据。该包包含了创建singlecel实验Seurat对象的函数，并提供了将组织学图像加载到r中的方法。spanielPlot函数允许将包含在S4对象中的指标可视化覆盖到组织图像上。

作者:Rachel Queen [aut, cre]

维护者:Rachel Queen < Rachel。纽卡斯尔女王>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“猎犬”)

超文本标记语言	R脚本	西班牙猎犬10X Visium
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，报道，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，基础设施，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	修拉，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，dplyr、方法、ggplot2，嘘(> = 1.13),食物，igraph，闪亮的，jpeg，magrittr跑龙套,S4Vectors，DropletUtils，jsonlite，png
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，devtools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Spaniel_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	Spaniel_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Spaniel_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Spaniel_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spaniel
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Spaniel
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Spaniel/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Spaniel/
软件包下载报告	下载数据