SingleMoleculeFootprinting

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleMoleculeFootprinting

单分子足迹(SMF)数据分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SingleMoleculeFootprinting是一个R包，提供分析单分子足迹(SMF)数据的功能。遵循小插图中举例的工作流程，用户将能够以最小的编码工作执行SMF数据的基本数据分析。从一个对齐的bam文件开始，我们展示了如何对测序文库进行质量控制，在单分子水平提取甲基化信息，用于两种可能的SMF实验(单酶或双酶)，根据它们的分子占用模式对单个分子进行分类，在给定的基因组位置绘制SMF信息

作者:Guido Barzaghi [aut, cre]，阿诺·克雷布斯[au]，迈克·史密斯[ctb]

维护者:Guido Barzaghi < Guido。巴尔扎吉在embl.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" singlemoleculefootprint ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SingleMoleculeFootprinting”)

超文本标记语言	R脚本	SingleMoleculeFootprinting
PDF		参考手册

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，DataRepresentation，表观遗传学，MethylSeq，NucleosomePositioning，质量控制，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，GenomeInfoDb，GenomicRanges，data.tablegrDevices,plyr，IRanges，RColorBrewer统计数据,QuasR
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，devtools，ExperimentHub，knitr平行,rmarkdown，readr，SingleMoleculeFootprintingData，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Krebslabrep/SingleMoleculeFootprinting/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SingleMoleculeFootprinting_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SingleMoleculeFootprinting_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SingleMoleculeFootprinting_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SingleMoleculeFootprinting_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleMoleculeFootprinting
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleMoleculeFootprinting
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SingleMoleculeFootprinting/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleMoleculeFootprinting/
软件包下载报告	下载数据