SingleCellMultiModal

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellMultiModal

集成多模态单细胞实验数据集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SingleCellMultiModal是一个ExperimentHub包,它提供从GEO和其他来源获得的多个数据集,并将它们表示为MultiAssayExperiment对象。我们提供了几个多模态数据集,包括scNMT, 10X Multiome, seqFISH, CITEseq, SCoPE2等。该包的范围是为基准测试和分析提供数据。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre],里卡尔·阿格拉盖[aut],达里奥·里盖利[aut],凯利·埃肯罗德[aut],李维·沃尔德伦[aut]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“SingleCellMultiModal”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SingleCellMultiModal”)

超文本标记语言 R脚本 CITEseq脐带血
超文本标记语言 R脚本 ECCITEseq外周血
超文本标记语言 R脚本 GT-seq小鼠胚胎
超文本标记语言 R脚本 scMultiome 10x PBMC
超文本标记语言 R脚本 小鼠原肠形成
超文本标记语言 R脚本 SCoPE2:巨噬细胞vs单核细胞
超文本标记语言 R脚本 seqFISH小鼠视觉皮层
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ExperimentDataExperimentHub地理ReproducibleResearchSingleCellData
版本 1.10.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.2.0),MultiAssayExperiment
进口 AnnotationHubBiocFileCacheBiocGenericsExperimentHubHDF5ArrayS4VectorsSingleCellExperimentSpatialExperimentSummarizedExperiment矩阵,方法,utils
链接
建议 BiocStyleggplot2knitrRaggedExperimentrmarkdown食物UpSetRuwot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SingleCellMultiModal_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellMultiModal
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleCellMultiModal
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellMultiModal/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网