SingleCellMultiModal

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellMultiModal

集成多模态单细胞实验数据集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SingleCellMultiModal是一个ExperimentHub包，它提供从GEO和其他来源获得的多个数据集，并将它们表示为MultiAssayExperiment对象。我们提供了几个多模态数据集，包括scNMT, 10X Multiome, seqFISH, CITEseq, SCoPE2等。该包的范围是为基准测试和分析提供数据。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]，里卡尔·阿格拉盖[aut]，达里奥·里盖利[aut]，凯利·埃肯罗德[aut]，李维·沃尔德伦[aut]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SingleCellMultiModal”)

超文本标记语言	R脚本	CITEseq脐带血
超文本标记语言	R脚本	ECCITEseq外周血
超文本标记语言	R脚本	GT-seq小鼠胚胎
超文本标记语言	R脚本	scMultiome 10x PBMC
超文本标记语言	R脚本	小鼠原肠形成
超文本标记语言	R脚本	SCoPE2:巨噬细胞vs单核细胞
超文本标记语言	R脚本	seqFISH小鼠视觉皮层
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，地理，ReproducibleResearch，SingleCellData
版本	1.10.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub，BiocFileCache，BiocGenerics，ExperimentHub，HDF5Array，S4Vectors，SingleCellExperiment，SpatialExperiment，SummarizedExperiment，矩阵，方法，utils
链接
建议	BiocStyle，ggplot2，knitr，RaggedExperiment，rmarkdown，嘘，食物，UpSetR，uwot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/issues
全靠我
进口我
建议我	MuData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SingleCellMultiModal_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellMultiModal
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleCellMultiModal
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellMultiModal/
软件包下载报告	下载数据