SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

S4类单单元数据

Bioconductor版本:Release (3.15)

定义用于存储单细胞实验数据的S4类。这包括专门的方法来存储和检索插入信息，每个细胞的降维坐标和大小因子，以及通常的基因和文库元数据。

作者:Aaron Lun [aut, cph]， Davide Risso [aut, cre, cph]， Keegan Korthauer [ctb]， Kevin Rue-Albrecht [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

引文(从R内，输入引用(“SingleCellExperiment”))：

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SingleCellExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.singlecelexperimental类的介绍
超文本标记语言	R脚本	2.应用于singlecel实验对象
超文本标记语言	R脚本	3.围绕singlecelexperimental类开发
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，ImmunoOncology，基础设施，SingleCell，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法，utils，统计，S4Vectors，BiocGenerics，GenomicRanges，DelayedArray
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，矩阵，scRNAseq(> = 2.9.1),Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	基础知识，后面;，BayesSpace，催化剂，celda，CellBench，CelliD，CellTrails，印度豹，clusterExperiment，cydar，cytomapper，DropletUtils，ExperimentSubset，HCAData，imcdatasets，iSEE，LoomExperiment，桅杆，米娅，MouseGastrulationData，MouseThymusAgeing，mumosa，muscData，NeuCA，POWSC，scAlign，scAnnotatR，scATAC。资源管理器，嘘，scDataviz，scGPS，schex，scPipe，食物，scRNAseq，天窗，singleCellTK，SpatialExperiment，飞溅，switchde，TENxBrainData，TENxPBMCData，tidySingleCellExperiment，TMExplorer，TrajectoryUtils，TreeSummarizedExperiment，三轮车，TSCAN，zinbwave
进口我	ADImpute，aggregateBioVar，airpart，APL，ASURAT，bayNorm，BEARscc，BUSseq，ccfindR，CellMixS，Cepo，ChromSCape，CiteFuse，clustifyr，CoGAPS，conclus，调味品，科拉尔，命运，DifferentialRegulation，恐龙，截然不同的，dittoSeq，逃避，EWCE，fcoex，盛宴，鱼池，火焰，ggspavis，GSVA，河马，ILoReg，imcRtools，infercnv，IRISFGM，iSEEu，LineagePulse，mbkmeans，MetaNeighbor，miloR，miQC，MuData，马斯喀特，Nebulosa，netSmooth，NewWave，nnSVG，peco，phemd，pipeComp，SC3，SCArray，scBFA，scCB2，sccomp，scDblFinder，scDD，scds，散粒，scmap，scMerge，SCnorm，司康饼，scp，scpdata，scReClassify，颈背，用水晶球占卜，scTensor，scTGIF，scTreeViz，SingleCellMultiModal，激流回旋，弹弓，猎犬，spatialHeatmap，spatialLIBD，关注的焦点，SPsimSeq，standR，TabulaMurisSenisData，tradeSeq，traviz，treekoR，UCell，VAExprs，伶盗龙，waddR，zellkonverter
建议我	CellaRepertorium，cellxgenedp，DEsingle，多萝西娅，DuoClustering2018，FCBF，genomicInstability，GSE103322，杂环胺，HDF5Array，InteractiveComplexHeatmap，M3Drop，microbiomeDataSets，MOFA2，ontoProc，phenopath，后代，PubScore，QFeatures，scFeatureFilter，scPCA，scRecover，simpleSingleCell，单，TabulaMurisData，TREG
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址在R会话中使用此包的说明。

源包	SingleCellExperiment_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.18.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	SingleCellExperiment_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ singlecel实验
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellExperiment/
软件包下载报告	下载数据