SimFFPE

DOI:10.18129 / B9.bioc.SimFFPE

用于FFPE组织的NGS读取模拟器

Bioconductor版本:发行版(3.16)

来自FFPE(福尔马林-固定石蜡-嵌入式)样品的NGS(下一代测序)读取包含大量人工嵌合读取(ACRS)，这可能导致假阳性结构变体调用。这些acr来源于两个单链DNA (ss-DNA)片段与短反向互补区(SRCRs)的结合。该包模拟了这些人工嵌合读取以及FFPE样本在全基因组/几个染色体/大区域上的正常读取。

作者:魏兰英[aut, cre]

维护者:卫兰英<兰英。Wei在uni-muenster.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SimFFPE”)

PDF	R脚本	SimFFPE简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，DataImport，MultipleComparison，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	Biostrings
进口	dplyr，foreach，doParallel，truncnorm，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，并行，图形，统计，utils，方法
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SimFFPE_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	SimFFPE_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	SimFFPE_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SimFFPE_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SimFFPE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SimFFPE
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SimFFPE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SimFFPE/
软件包下载报告	下载数据