缩短

DOI：10.18129 / b9.bioc.shortread.

FASTQ输入和操作

Biocometiond版本：释放（3.12）

此包实现采样，迭代和FASTQ文件的输入。该软件包包括用于过滤和修剪读取的功能，并用于生成质量评估报告。数据表示为DnastringSet派生的对象，并且可以轻松地操作以用于多样性的目的。该软件包还包含用于早期单端，未授断的对齐格式的遗留支持。

作者：Martin Morgan，Michael Lawrence，Simon Anders

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！properenamespace（“biocmanager”，squily = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“shortread”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SHORTREAD”）

PDF.	r script.	缩短介绍
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	DataImport.那QualityControl.那测序那软件
版本	1.48.0
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（12.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.23.3），生物相投那生物仪器（> = 2.47.6），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），基因管理（> = 1.15.6）
进口	BioBase.那S4Vectors.（> = 0.17.25），绞喉（> = 2.13.12），genomeinfodb.（> = 1.15.2），Genomicranges.（> = 1.31.8），HWRITER.， 方法，Zlibbioc那格子那latticeextra.
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.那生物仪器那rhtslib.那Zlibbioc
建议	生物焦那运行那生物雕那基因组法那yeastnagalakshmi.
系统要求
加强
URL.
取决于我	chipseq.那eatonetalchipseq.那edaseq.那esatac.那Girafe.那htseqgenie.那雀巢链接那otubase.那rqc.那Semmentseq.那测序那Systempiper.
进口我	扩增人那ArrayExpresshts.那BaseCallqc.那打那chipseq.那chipseqr.那Chipsim那达达2那easyrnaseq.那FASTQCLEANER.那哥特那冰茶那离子那宏伟那ngsreports.那核核酸那Quasr.那r453plus1toolbox.那rsvsim那颈背那umi4cats.
建议我	生物相投那CSAR.那DBCHIP.那基因管理那hicdatalymphoblast.那p那repitools.那RSAMTOOLS.那S4Vectors.那YeaStrnaseq.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	shortread_1.48.0.tar.gz.
Windows二进制文件	shortread_1.48.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	shortread_1.48.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/shortread.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/缩小
包短网址	https://biocumon.org/packages/shortread/
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