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SeqGate
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGate
低表达特征的滤波
Bioconductor版本:发行版(3.16)
在进行统计分析之前，筛选低表达特征(例如基因)是一个常见的步骤，但通常选择一个任意的阈值。SeqGate实现了一种方法，通过分析重复样本中的计数分布来合理化这一步骤。门是一个阈值，超过这个阈值，序列特征可以被认为是自信量化的。
作者:Christelle Reynès [aut]， Stéphanie Rialle [aut, cre]
维护者:Stéphanie Rialle
引文(从R内，输入引用(“SeqGate”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“SeqGate”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | SeqGate:过滤低表达的特征 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，转录组 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | GPL (>= 2.0) |
| 取决于 | S4Vectors，SummarizedExperiment，GenomicRanges |
| 进口 | 统计数据、方法BiocManager |
| 链接 | |
| 建议 | testthat(> = 3.0.0),刨边机，BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/srialle/SeqGate/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SeqGate_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SeqGate_1.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | SeqGate_1.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | SeqGate_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGate |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqGate |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SeqGate/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGate/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
