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SeqGSEA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGSEA
基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接
Bioconductor版本:版本(3.16)
包通常提供高通量的基因集富集方法分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。它使用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列测试,统计显著性也可以实现对每个基因的微分表达式和拼接,分别。
作者:ξ王<ξ。王在newcastle.edu.au >
维护人员:ξ王<ξ。王在dkfz.de >
从内部引用(R,回车引用(“SeqGSEA”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqGSEA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SeqGSEA”)
| R脚本 | 基因集富集分析RNA-Seq SeqGSEA包数据 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.38.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(10年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | Biobase,doParallel,DESeq2 |
| 进口 | 方法,biomaRt |
| 链接 | |
| 建议 | GenomicRanges |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SeqGSEA_1.38.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SeqGSEA_1.38.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SeqGSEA_1.38.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SeqGSEA_1.38.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGSEA |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqGSEA |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SeqGSEA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
