SeqGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGSEA

基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接

Bioconductor版本:版本(3.16)

包通常提供高通量的基因集富集方法分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。它使用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列测试,统计显著性也可以实现对每个基因的微分表达式和拼接,分别。

作者:ξ王<ξ。王在newcastle.edu.au >

维护人员:ξ王<ξ。王在dkfz.de >

从内部引用(R,回车引用(“SeqGSEA”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqGSEA”)

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PDF R脚本 基因集富集分析RNA-Seq SeqGSEA包数据
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细节

biocViews DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本 1.38.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 Biobase,doParallel,DESeq2
进口 方法,biomaRt
链接
建议 GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SeqGSEA_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 SeqGSEA_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64) SeqGSEA_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64) SeqGSEA_1.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGSEA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqGSEA
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SeqGSEA/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/
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