SIMLR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMLR

基于多核学习的单细胞口译

Bioconductor版本:发行版(3.16)

单细胞RNA-seq技术实现了对单个细胞的高通量基因表达测量，并允许发现细胞群内的异质性。细胞间基因表达相似性的测量对于细胞群的识别、可视化和分析至关重要。然而，单细胞数据对传统的基因表达相似性测量提出了挑战，因为高水平的噪声、异常值和退出。我们开发了一个新的相似性学习框架SIMLR(单细胞解释通过多核学习)，它从数据中学习一个适当的距离度量，用于降维、聚类和可视化。

作者:Daniele Ramazzotti， Bo Wang [aut]， Luca De Sano [aut]， Serafim Batzoglou [ctb]

维护者:Luca De Sano

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SIMLR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SIMLR”)

PDF	R脚本	基于多核学习的单细胞解释(\Biocpkg{SIMLR})
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	平行,矩阵，统计数据，方法，Rcpp，pracma，RcppAnnoy，RSpectra
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics，BiocStyle，testthat，knitr，igraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
BugReports	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
全靠我
进口我	ccImpute，SingleCellSignalR
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SIMLR_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	SIMLR_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SIMLR_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SIMLR_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SIMLR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SIMLR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIMLR/
软件包下载报告	下载数据