SIMD

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMD

统计推断MeDIP-seq数据(SIMD)来推断每个CpG位点的甲基化水平

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包提供了一个推论分析方法检测差异表达CpG网站MeDIP-seq数据。它使用统计框架和EM算法,识别差异表达CpG网站。本文中描述的方法在这个包的微分Methylation-level推论和检测甲基化与Medip-seq数据“燕周、朱Jiadi, Mingtao赵,Baoxue张Chunfu江,龚喜颜杨(2018年,即将出版)。

作者:燕周

维护人员:Jiadi朱在email.szu.edu.cn < 2160090406 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SIMD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SIMD”)

HTML	R脚本	SIMD教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,DifferentialMethylation,ImmunoOncology,SingleCell,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	刨边机statmod,methylMnM统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SIMD_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	SIMD_1.18.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SIMD_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SIMD_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SIMD
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SIMD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIMD/
包下载报告	下载数据