SIAMCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIAMCAT

统计推断微生物群落和主机表型之间的关联

Bioconductor版本:版本(3.17)

管道统计推断的微生物群落和主机表型之间的关联(SIAMCAT)。分析微生物数据的主要目标是确定社区组成的变化与环境因素有关。特别是人类微生物组成与主机表型等疾病已经成为激烈的研究领域。为此,健壮的统计建模和生物标记提取工具包至关重要的需要。SIAMCAT提供了一个完整的管道支持数据预处理,统计协会测试、统计建模(套索逻辑回归),包括工具的评估和解释这些模型(如交叉验证、参数选择、ROC分析和诊断模型的情节)。

作者:康拉德Zych (aut),Jakob Wirbel (aut (cre)泽勒,Georg (aut),摩根埃塞克斯(施),尼科莱因为Karcher[所有],Kersten布鲁尔(施)

维护人员:Jakob Wirbel <雅克布。在embl.de wirbel >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SIAMCAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SIAMCAT”)

HTML	R脚本	SIAMCAT基本装饰图案
HTML	R脚本	“SIAMCAT例子
HTML	R脚本	SIAMCAT坚持测试
HTML	R脚本	SIAMCAT输入
HTML	R脚本	SIAMCAT荟萃分析
HTML	R脚本	SIAMCAT毫升陷阱
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,FeatureExtraction,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,预处理,回归,测序,软件
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0), mlr3,phyloseq
进口	beanplot glmnet,图形,grDevices、网格gridBase, gridExtra, LiblineaR, matrixStats,方法,pROC, PRROC, RColorBrewer,尺度,统计,stringr,跑龙套,infotheo,进步,corrplot, lmerTest, mlr3learners, mlr3tuning悖论,lgr
链接
建议	BiocStyle,testthat optparse knitr、rmarkdown tidyverse ggpubr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SIAMCAT_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	SIAMCAT_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SIAMCAT_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIAMCAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SIAMCAT
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SIAMCAT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIAMCAT/
包下载报告	下载数据