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SCArray
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SCArray
使用GDS文件进行大规模单细胞RNA-seq数据操作
Bioconductor版本:发行版(3.16)
使用基因组数据结构(GDS)文件提供大规模单细胞RNA-seq数据操作。它结合了存储在GDS文件中的密集和稀疏矩阵以及Bioconductor基础架构框架(singlecel实验和DelayedArray)，以提供内存不足的数据存储和使用R编程语言进行大规模操作。
作者:郑秀文[aut, cre]
维护者:郑秀文<秀文。郑在abbvie.com>
引文(从R内，输入引用(“SCArray”)）：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“SCArray”)
| 超文本标记语言 | 概述 | |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用GDS文件进行单细胞rna seq数据操作 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport，DataRepresentation，基础设施，RNASeq，SingleCell，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0)，gdsfmt(>= 1.27.4)，方法，DelayedArray(> = 0.16.0) |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors，IRanges跑龙套,SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedMatrixStats |
| 链接 | |
| 建议 | 矩阵，嘘，uwot，RUnit，knitr，减价，rmarkdown，rhdf5，HDF5Array |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SCArray |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SCArray_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SCArray_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | SCArray_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | SCArray_1.5.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCArray |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SCArray |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SCArray/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
