SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

SBGNview: SBGN路径的数据分析、集成和可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SBGNview是一个基于路径的数据可视化、集成和分析工具集。SBGNview与广泛使用的Pathview类似且互补,主要特性如下:通过广泛采用的系统生物学图形符号(SBGN)定义通路;2.支持KEGG以外的多个主要路径数据库(Reactome, MetaCyc, SMPDB, PANTHER, METACROP)和用户自定义路径;3.默认覆盖5200个参考路径和超过3000个物种;4.丰富的图形控制,包括字形和边缘属性,图形布局和子路径突出显示;5. SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.

作者:董晓曦*,Kovidh Vegesna*,罗伟军

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

引文(从R内,输入引用(“SBGNview”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SBGNview”)

超文本标记语言 R脚本 利用SBGNview基因集进行通路分析
超文本标记语言 R脚本 快速启动SBGNview
超文本标记语言 R脚本 SBGNview功能
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGeneTarget遗传学GraphAndNetwork代谢组学微阵列通路蛋白质组学RNASeq测序软件SystemsBiology可视化
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (>= 3.6),pathviewSBGNview.data
进口 Rdpack, grDevices,方法,统计,utils,xml2rsvgigraphrmarkdownknitrSummarizedExperimentAnnotationDbihttrKEGGRESTbookdown
链接
建议 testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SBGNview_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 SBGNview_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) SBGNview_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) SBGNview_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SBGNview
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SBGNview/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/
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