SAIGEgds

DOI:10.18129 / B9.bioc.SAIGEgds

在全现象关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可伸缩实现

Bioconductor版本:发行版(3.16)

具有高度优化的c++实现和与基因组数据结构(GDS)文件集成的通用混合模型的可伸缩实现。它被设计用于具有数百万个变体和样本的大规模全现象关联研究(PheWAS)中的单变体测试,控制样本结构和病例-对照不平衡。该实现基于原始的SAIGE R包(v0.29.4.4用于单变量测试,Zhou等人。2018)。SAIGEgds还在C中实现了一些SPAtest函数,以加速鞍点近似的计算。基准测试表明,SAIGEgds比原始的SAIGE R包快5到6倍。

作者:郑秀文[aut, cre],周伟[ctb] (SAIGE R包的原作者),J. Wade Davis [ctb]

维护者:郑秀文<秀文。郑在abbvie.com>

引文(从R内,输入引用(“SAIGEgds”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SAIGEgds”)

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细节

biocViews 遗传学GenomeWideAssociation软件StatisticalMethod
版本 1.12.3
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0),gdsfmt(> = 1.20.0),SeqArray(> = 1.31.8),Rcpp
进口 方法,统计,效用,RcppParallel接二连三(> = 3.0.0)
链接 RcppRcppArmadilloRcppParallel(> = 5.0.0)
建议 平行,蜡笔RUnitknitr减价rmarkdownBiocGenericsSNPRelateggmanh
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SAIGEgds
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

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源包 SAIGEgds_1.12.3.tar.gz
Windows二进制 SAIGEgds_1.12.3.zip
macOS二进制文件(x86_64) SAIGEgds_1.12.3.tgz
macOS二进制文件(arm64) SAIGEgds_1.12.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SAIGEgds
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SAIGEgds
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SAIGEgds/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SAIGEgds/
软件包下载报告 下载数据
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