rsubread

doi:10.18129/b9.bioc.rsubread

测序数据的映射,量化和变体分析

生物导体版本:版本(3.15)

RNA测序数据(包括大量RNA-SEQ和SCRNA-SEQ)和DNA序列数据(包括ATAC-SEQ,CHIP-SEQ,WGS,WES等)的对齐,定量和分析。包括用于读取映射,读取计数,SNP调用,结构变异检测和基因融合发现的功能。可以应用于所有主要的测序技术,以及短顺序读取。

作者:Wei Shi,Yang Liao和Gordon K Smyth,珍妮Dai的贡献

维护者:wei shi ,yang liao 和gordon k smyth

引用(从r内,输入引用(“ rsubread”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ rsubread”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rsubread”)

PDF R脚本 rsubread vignette
PDF subreaduserguide.pdf
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,chipseq,,,,基因表达,,,,GeneFusionDetection,,,,结肠管制,,,,遗传因素,,,,遗传学,,,,基因数,,,,免疫学,,,,indeldetection,,,,乘以quessequealignment,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,SNP,,,,测序,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,变体,,,,变体挖出
版本 2.10.2
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(11年)
执照 GPL(> = 3)
要看
进口 grdevices,统计,utils,矩阵
链接
建议
系统要求
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread
取决于我 DEBLUSTER
进口我 apalyzer,,,,diffutr,,,,杜普拉达尔,,,,弗雷泽,,,,RibosomeProfilingQC,,,,颈背
建议我 自治,,,,冰茶,,,,nxtirfcore,,,,scpipe,,,,Singlecelltk,,,,tidybulk
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rsubread_2.10.2.2.tar.gz
Windows二进制 rsubread_2.10.2.2.zip
MacOS 10.13(高山脉) rsubread_2.10.2.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsubread
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rsubread
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread/
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