Rsamtools
DOI:
10.18129 / B9.bioc.Rsamtools
二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和表文件导入
Bioconductor版本:发行版(3.13)
这个包为'samtools'、'bcftools'和'tabix'实用程序提供了一个接口，用于操作SAM(序列对齐/映射)、FASTA、二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。
作者:Martin Morgan, Hervé Pagès, Valerie Obenchain, Nathaniel Hayden
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中，输入引用(“Rsamtools”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“Rsamtools”)
细节
| biocViews |
对齐，报道，DataImport，质量控制，测序，软件 |
| 版本 |
2.8.0 |
| 在Bioconductor公司 |
BioC 2.6 (R-2.11)(11年) |
| 许可证 |
artist -2.0 |文件许可证 |
| 取决于 |
方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(>= 2.47.6)， r (>= 3.5.0) |
| 进口 |
跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc，bitops，BiocParallel,统计数据 |
| 链接 |
Rhtslib(> = 1.17.7),S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings |
| 建议 |
GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RUnit，BiocStyle |
| SystemRequirements |
GNU使 |
| 增强了 |
|
| URL |
//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools |
| BugReports |
https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues |
| 全靠我 |
ArrayExpressHTS，BaalChIP，BitSeq，食典委，contiBAIT，CoverageView，esATAC，exomeCopy，弗雷泽，GenomicAlignments，GenomicFiles，girafe，gmapR，HelloRanges，感兴趣，leeBamViews，MEDIPS，methylPipe，MMDiff2，podkat，r3Cseq，Rcade，RepViz，ReQON，rfPred，RiboDiPA，rnaSeqMap，范围，测序，SGSeq，ShortRead，SICtools，SNPhood，ssviz，systemPipeR，TarSeqQC，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation，wavClusteR |
| 进口我 |
AllelicImbalance，高山，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，APAlyzer，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，bambu，BBCAnalyzer，biovizBase，biscuiteer，breakpointR，BRGenomics，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，cellbaseR，CexoR，别致的，chimeraviz，ChIPComp，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseqDBData，ChIPSeqSpike，ChromSCape，chromstaR，chromVAR，cn.mops，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVrd2，compEpiTools，consensusDE，CopyNumberPlots，文案，CrispRVariants，csaw，CSSQ，customProDB，DAMEfinder，DegNorm，derfinder，DEXSeq，DiffBind，diffHic，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，epialleleR，epigenomix，epigraHMM，eudysbiome，exomePeak2，FilterFFPE，FunChIP，gcapc，GeneGeneInteR，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicInteractions，GenVisR，ggbio，gmoviz，哥特，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，h5vc，HTSeqGenie，icetea，ima，检查，karyoploteR，ldblock，LungCancerLines，MACPET，MADSEQ，联合化疗，metagene，metagene2，metaseqR2，methylKit，MMAPPR2，MMAPPR2data，马赛克，motifmatchr，msgbsR，NADfinder，NanoMethViz，nearBynding，诊断，ORFik，panelcn.mops，图片，plyranges，婴儿车，PureCN，QDNAseq，qsea，QuasR，R453Plus1Toolbox，ramwas，收回，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RNAmodR，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer，颈背，segmentSeq，seqplots，seqsetvis，SimFFPE，sitadela，soGGi，SplicingGraphs，srnadiff，strandCheckR，systemPipeRdata，TCseq，TFutils，tracktables，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，UMI4Cats，uncoverappLib，VariantFiltering，VariantTools，VaSP，VCFArray，VplotR |
| 建议我 |
AnnotationHub，bamsignals，BaseSpaceR，BiocGenerics，BiocParallel，biomvRCNS，芝加哥，chipseqDB，epivizrChart，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，gwascat，IRanges，NanoporeRNASeq，omicsPrint，parathyroidSE，profileplyr，RNAmodR。毫升，SeqArray，seqbias，SigFuge，similaRpeak，彩带 |
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