Rmmquant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rmmquant

RNA-Seq multi-mapping读取量化工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

RNA-Seq目前常用,它提供了准确的信息在基因转录。然而,该方法不能准确估计重复基因表达。几个策略曾被使用,但是他们提供带有偏见的结果。Rmmquant,如果读地图在不同位置,工具检测到相应的基因复制;它合并并创建一个融合基因的基因。然后基于项的读取输入基因和合并后的基因。Rmmquant是广泛使用的替代工具findOverlaps和featureCounts处理multi-mapping unabiased方式读取。

作者:Zytnicki马提亚(aut (cre)

维修工:Zytnicki马提亚<马蒂亚斯。在inra.fr zytnicki >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rmmquant”)

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HTML	R脚本	Rmmquant包
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细节

biocViews	GeneExpression,软件,转录
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	Rcpp(> = 0.12.8)、方法S4Vectors,GenomicRanges,SummarizedExperimentdevtools,TBX20BamSubset,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Mm.eg.db,DESeq2,apeglm,BiocStyle
链接	Rcpp
建议	knitr、rmarkdown testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rmmquant_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	Rmmquant_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Rmmquant_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Rmmquant_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rmmquant
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rmmquant/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rmmquant/
包下载报告	下载数据