RiboProfiling

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboProfiling

核糖体分析数据分析:从BAM数据表示和解释

Bioconductor版本:版本(3.17)

BAM文件开始,这个包的质量评估提供了必要的功能,阅读起始位置校准,读取cd上的计算,3 'utr和5 'utr,策划的统计数据:对,日志叠化,密码子频率和覆盖评估,主成分分析在密码子的报道。

作者:亚历山德拉Popa

维护人员:a . Popa < alexandra.mariela。在gmail.com popa >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RiboProfiling”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RiboProfiling”)

PDF	R脚本	分析Ribo-Seq数据与“RiboProfiling”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,PrincipalComponent,质量控制,RiboSeq,测序,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),Biostrings
进口	BiocGenerics,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRangesreshape2,GenomicFeatures、网格、plyrS4Vectors,GenomicAlignmentsggplot2,ggbio,Rsamtools,rtracklayer、数据。表,sqldf
链接
建议	knitr,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19testthat,SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RiboProfiling_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	RiboProfiling_1.30.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	RiboProfiling_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RiboProfiling_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboProfiling
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RiboProfiling
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RiboProfiling/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RiboProfiling/
包下载报告	下载数据