- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- RiboDiPA
RiboDiPA
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboDiPA
Ribo-seq数据的差分模式分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包对Ribo-seq数据进行差分模式分析。它在两种情况下识别核糖体足迹中具有显著不同模式的基因。RiboDiPA包含五个主要组件，包括bam文件处理、p点映射、数据绑定、差异模式分析和足迹可视化。
作者:李克仁[aut]， Matt Hope [aut]，王小忠[aut]，王继平[aut, cre]
维护者:Ji-Ping Wang
引文(从R内，输入引用(“RiboDiPA”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“RiboDiPA”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | RiboDiPA |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，报道，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，ImmunoOncology，归一化，质量控制，RNASeq，RiboSeq，测序，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | LGPL (>= 3) |
| 取决于 | R (>= 4.1)，Rsamtools，GenomicFeatures，GenomicAlignments |
| 进口 | Rcpp(>= 1.0.2)，图形，统计，data.table，精英主义、方法、S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，matrixStats，reldist，doParallel，foreach平行,qvalue，DESeq2，ggplot2，BiocFileCache，BiocGenerics |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RiboDiPA_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RiboDiPA_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | RiboDiPA_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | RiboDiPA_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboDiPA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RiboDiPA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RiboDiPA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
