RforProteomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.RforProteomics

“使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”出版物的配套包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包包含代码来说明“使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”和“使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据可视化”手稿。插图描述了再现论文中描述的示例和图形以及蛋白质组学可视化功能所需的代码和数据。它还包含各种功能，发现R软件质谱和蛋白质组学。

作者:Laurent Gatto [aut, cre]， Sebastian Gibb [ctb]， Vlad Petyuk [ctb]， Thomas Pedersen Lin [ctb]

维护者:Laurent Gatto < Laurent。Gatto at uclouvain.be>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager")::install("RforProteomics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RforProteomics”)

超文本标记语言	R脚本	用R进行蛋白质组学数据分析
超文本标记语言	R脚本	使用R和Bioconductor可视化蛋白质组学数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，MassSpectrometryData，ReproducibleResearch
版本	1.35.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，MSnbase(> = 2.5.3)
进口	R.utils，biocViews，BiocManager
链接
建议	AnnotationDbi，rpx(> = 2.0.3),DT，knitr，rmarkdown，BiocStyle，mzR，xcms，msdata，等压线，MALDIquant(> = 1.12),MALDIquantForeign，readBrukerFlexData，Rdisop，OrgMassSpecR，SummarizedExperiment，大脑，的方式，hpar，GO.db，org.Hs.eg.db，e1071，biomaRt，RColorBrewer，ggplot2，reshape2，xtable，晶格，mzID，pRoloc，pRolocdata，MSnID，msmsTests，msmsEDA，部，corrplot，beanplot，Heatplus，gplots，维恩图，protViz，genefilter，情节，gridExtra，dplyr，lubridate，魔法，切肉刀
SystemRequirements
增强了
URL	http://lgatto.github.com/RforProteomics/
全靠我
进口我
建议我	MSstatsQC
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RforProteomics_1.35.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RforProteomics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RforProteomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RforProteomics/
软件包下载报告	下载数据