ReactomeGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomeGSA

用于比较多组学基因集分析的反应组分析服务的客户端

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ReactomeGSA包使用Reactome的在线分析服务来执行多组学基因集分析。这个包的主要优点是,可以使用REACTOME强大的web应用程序可视化检索结果。由于Reactome的分析服务也使用R来执行实际的基因集分析,当在本地使用相同的包(如limma和edgeR)时,您将得到类似的结果。因此,如果你只需要一个基因集分析,不同的软件包更适合。

作者:Johannes Griss [aut, cre]

维护者:Johannes Griss < Johannes。Griss在meduniwien.ac.at>

引文(从R内,输入引用(“ReactomeGSA”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ReactomeGSA”)

超文本标记语言 R脚本 分析单细胞RNAseq数据
超文本标记语言 R脚本 使用ReactomeGSA包
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichment蛋白质组学Reactome软件SystemsBiology转录组
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于
进口 jsonlitehttr进步ggplot2、方法、gplotsRColorBrewerdplyrtidyr
链接
建议 testthatknitrrmarkdownReactomeGSA.dataBiobasedevtools
SystemRequirements
增强了 limma刨边机修拉(> = 3.0),
URL https://github.com/reactome/ReactomeGSA
BugReports https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues
全靠我 ReactomeGSA.data
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ReactomeGSA_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 ReactomeGSA_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) ReactomeGSA_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) ReactomeGSA_1.11.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomeGSA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/
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