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Rbec
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbec
Rbec:用于分析合成微生物群落的扩增子测序数据的工具
Bioconductor版本:发行版(3.16)
Rbec是DADA2的改编版本，用于分析来自合成群落(SynComs)的扩增子测序数据，其中每个菌株都存在参考序列。Rbec不仅可以准确地分析SynCom样品中的微生物组成，还可以预测SynCom样品中的污染物。
作者:张鹏帆[aut, cre]
维护人员:Pengfan Zhang
引文(从R内，输入引用(“Rbec”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Rbec”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Rbec |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | MicrobialStrain，微生物组，测序，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | Rcpp(> = 1.0.6),dada2，ggplot2，readr，doParallel，foreach， grDevices, stats, utils |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | Rbec_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Rbec_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | Rbec_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbec |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rbec |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/Rbec/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rbec/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
