RadioGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.RadioGx

大规模无线电基因组数据分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于放射基因组分析的计算工具箱，集成了数百种癌细胞系的放射响应数据、放射生物学建模和综合细胞系注释。“RadioSet”类可以创建和操作标准化数据集，包括关于癌细胞系、放射反应测定和剂量反应指标的信息。所包含的方法允许使用已建立的放射生物学模型拟合和绘制剂量-反应数据，并进行质量控制以验证结果。还包括与拟合和绘制剂量反应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)相关的附加功能。欲了解更多详细信息，请参阅所附文档、参考文献以及:Manem, V. et al (2018) ．

作者:Venkata Manem [aut]， Petr Smirnov [aut]， Ian Smith [aut]， Meghan Lambie [aut]， Christopher Eeles [aut]， Scott Bratman [aut]， Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RadioGx”)

超文本标记语言	R脚本	RadioGx:用于分析大型放射基因组数据集的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，遗传药理学，药物基因组学，质量控制，软件，生存
版本	2.2.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，CoreGx
进口	SummarizedExperiment，BiocGenerics，data.table，S4Vectors，Biobase平行,BiocParallel，RColorBrewer，caTools，magicaxis、方法、reshape2，尺度， grDevices，图形，统计，utils，为了，matrixStats，下载器
链接
建议	rmarkdown，BiocStyle，knitr，老鸨，减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RadioGx_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	RadioGx_2.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RadioGx_2.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RadioGx_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RadioGx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RadioGx
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RadioGx/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RadioGx/
软件包下载报告	下载数据