RTNsurvival

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTNsurvival

利用RTN包推断的转录网络进行生存分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

RTNsurvival是一个将RTN包生成的规则与生存信息集成的工具。对于给定的规则，双尾GSEA方法为每个个体样本计算差异富集分数(dES)，然后使用所有样本的dES分布来评估队列的生存统计数据。有两个主要的生存分析工作流程:Cox比例风险方法用于建模规则作为生存时间的预测因素，以及Kaplan-Meier分析评估基于规则活动的队列分层。所有地块都可以根据用户的规格进行微调。

作者:克拉丽斯·s·格罗内维尔德，维尼修斯·s·查加斯，莫罗·a·a·卡斯特罗

维护者:Clarice Groeneveld ，毛罗A. A.卡斯特罗<毛罗。卡斯特罗在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RTNsurvival")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RTNsurvival”)

超文本标记语言	R脚本	RTNsurvival:利用转录网络和规则进行多变量生存分析。
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，生存
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.3)，研制(> = 2.14.1),RTNduals(>= 1.14.1)方法
进口	生存，RColorBrewer， grDevices，图形，统计，效用，尺度，data.table，蛋，ggplot2，pheatmap，dunn.test
链接
建议	Fletcher2013b，knitr，rmarkdown，BiocStyle，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RTNsurvival_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	RTNsurvival_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RTNsurvival_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RTNsurvival_1.22.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RTNsurvival
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/RTNsurvival
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTNsurvival/
软件包下载报告	下载数据