研制
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DOI:10.18129 / B9.bioc.RTN
研制:调节子的转录调控网络的重建和分析
Bioconductor版本:版本(3.16)
转录调控网络(环境)由一组转录因子(TFs)和监管目标基因。TFs监管者,识别特定DNA序列和指导基因组的表达,激活或抑制靶基因的表达。相同的一组基因控制的TF调节子。这个包提供了类和方法的重建环境和调节子的分析。
作者:克拉丽斯顶尖[所有],戈登•罗伯逊(施),新王(aut),迈克尔·弗莱彻(aut) Florian Markowetz (aut) Kerstin迈耶(aut)和毛罗·卡斯特罗(aut)
维护人员:毛罗·卡斯特罗< mauro.a。卡斯特罗在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“研制”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“研制”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“研制”)
| HTML | R脚本 | 研制:调节子的转录调控网络的重建和分析。” |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,软件,转录 |
| 版本 | 2.22.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(9年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 3.6.3)方法 |
| 进口 | 红色的,minet,毒蛇,mixtools,雪统计数据,limma,data.table,IRanges,igraph,S4Vectors,SummarizedExperiment,车,压水式反应堆,pheatmap、grDevices图形,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464 |
| 取决于我 | Fletcher2013b,RTNduals,RTNsurvival |
| 进口我 | |
| 建议我 | geneplast |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | RTN_2.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RTN_2.22.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | RTN_2.22.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | RTN_2.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTN |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/研制 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
