RTCGAToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGAToolbox

用于导出TCGA消防软管数据的新工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

对研究项目来说,管理来自癌症基因组图谱(TCGA)等大规模项目的数据以进行进一步分析是一个重要且耗时的步骤。一些努力,如Firehose项目,使TCGA预处理数据可以通过web服务和数据门户公开使用,但它需要管理、下载和准备接下来的步骤所需的数据。我们为Firehose预处理数据开发了一个开源和可扩展的基于R的数据客户端,并通过示例案例研究演示了它的使用。结果表明,RTCGAToolbox可以改善对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外,它还可以与其他分析管道集成,用于后续的数据分析。

作者:Mehmet Samur [aut], Marcel Ramos [aut, cre], Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“RTCGAToolbox”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RTCGAToolbox”)

超文本标记语言 R脚本 RTCGAToolbox教程
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpression测序软件
版本 2.28.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 BiocGenericsdata.tableDelayedArrayGenomicRangesGenomeInfoDbhttrlimma、方法、RaggedExperimentRCircosRCurlRJSONIO房车S4Vectors(>= 0.23.10),统计,stringrSummarizedExperiment生存TCGAutils(> = 1.9.4),XML
链接
建议 BiocStyleHomo.sapiensknitrreadrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/
BugReports https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues
全靠我
进口我 cBioPortalDataTCGAWorkflow
建议我 TCGAutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RTCGAToolbox_2.28.0.tar.gz
Windows二进制 RTCGAToolbox_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) RTCGAToolbox_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTCGAToolbox
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RTCGAToolbox/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/
软件包下载报告 下载数据

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