RMassBank

DOI:10.18129 / B9.bioc.RMassBank

处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流

Bioconductor版本:发行版(3.16)

处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流。功能包括串联质谱的自动提取，串联质谱片段的公式分配，用指定片段重新校准串联质谱，光谱清理，从互联网数据库自动检索化合物信息，以及导出到MassBank记录。

作者:Michael Stravs, Emma Schymanski, Steffen Neumann, Erik Mueller，由Tobias Schulze贡献

维护程序:RMassBank at Eawag

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RMassBank")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“RMassBank”)

超文本标记语言	R脚本	为XCMS RMassBank
超文本标记语言	R脚本	RMassBank:非标准用法
超文本标记语言	R脚本	RMassBank:示例工作流
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细节

biocViews	生物信息学，ImmunoOncology，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	3.8.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rcpp
进口	XML，rjson，S4Vectors，消化，rcdk，yaml，mzR、方法、Biobase，MSnbase，httr，enviPat，为了，日志记录器，RCurl，readJDX，webchem，ChemmineR，ChemmineOB，R.utils，data.table
链接
建议	BiocStyle，gplots，RMassBankData(> = 1.33.1),xcms(> = 1.37.1),相机，RUnit，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	OpenBabel
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	RMassBankData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RMassBank_3.8.0.tar.gz
Windows二进制	RMassBank_3.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RMassBank_3.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RMassBank
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RMassBank
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RMassBank/
包下载报告	下载数据