RLassoCox

DOI:10.18129 / B9.bioc.RLassoCox

整合基因互作信息的重加权Lasso-Cox算法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

RLassoCox是一个实现了由Wei Liu提出的RLasso-Cox模型的包。RLasso-Cox模型将基因相互作用信息集成到Lasso-Cox模型中，用于准确的生存预测和生存生物标志物的发现。它基于基因相互作用网络中拓扑上重要的基因倾向于有稳定的表达变化的假设。RLasso-Cox模型利用随机游走来评估基因的拓扑权重，然后突出拓扑上重要的基因，提高了Lasso-Cox模型的泛化能力。RLasso-Cox模型具有在独立数据集上识别具有高预后性能的小基因集的优势，这可能在识别各种癌症类型的稳健生存生物标志物方面发挥重要作用。

作者:刘伟[cre, aut]

维护者:刘伟< qq.com>的自由撰稿人

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“RLassoCox”)

PDF	R脚本	RLassoCox
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GenePrediction，网络，回归，软件，生存
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，glmnet
进口	矩阵，igraph，生存,统计数据
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/weiliu123/RLassoCox/issues
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构建报告

包档案

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源包	RLassoCox_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	RLassoCox_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	RLassoCox_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RLassoCox_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RLassoCox
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RLassoCox
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RLassoCox/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RLassoCox/
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