RGMQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RGMQL

R/Bioconductor的GenoMetric查询语言

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包将GenoMetric Query Language (GMQL)功能引入R环境。GMQL是一种高级的声明性语言,用于管理用于生物医学目的的异构基因组数据集,使用简单的查询来处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用云计算技术(如Apache Hadoop和Spark)为大数据高效设计的算法,允许GMQL在现代基础设施上运行,以实现可伸缩性和高性能。它允许从本地和远程的不同数据源创建、操作和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许利用R惯用范式进行复杂的查询和处理。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类,允许复杂的输入/输出管理和排序,例如:ASC, DESC, BAG, MIN, MAX, SUM, AVG, MEDIAN, STD, Q1, Q2, Q3(和许多其他)。请注意,许多RGMQL函数在R环境中不是直接执行的,而是被延迟到真正执行。

作者:Simone Pallotta [aut, cre], Marco Masseroli [aut]

维护者:Simone Pallotta < simmonepallotta at hotmail.com>

引文(从R内,输入引用(“RGMQL”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RGMQL”)

超文本标记语言 R脚本 RGMQL: R/Bioconductor的GenoMetric查询语言
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportImmunoOncology基础设施网络SingleCell软件
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4.2),RGMQLlib
进口 httrrJavaGenomicRangesrtracklayerdata.table跑龙套,plyrxml2、方法、S4Vectorsdplyr统计数据,胶水BiocGenerics
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/GMQL/
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RGMQL_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 RGMQL_1.17.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RGMQL
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RGMQL
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RGMQL/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RGMQL/
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