解决

DOI:10.18129 / B9.bioc.RESOLVE

为有效解决:R包分析癌症基因组的突变特征

Bioconductor版本:版本(3.17)

癌症是一种基因疾病引起的体细胞突变基因控制等关键生物功能细胞生长和分裂。这些突变可能出现通过细胞内在和外生过程,生成特征突变模式在基因组突变特征。突变特征的研究已经成为现代基因组学研究的标准组成部分,因为它可以揭示(环境和内生)诱变过程是活跃的肿瘤,并可能突出标记对治疗的反应。突变签名计算分析提出了许多陷阱。首先,确定签名的数量的任务非常复杂且依赖于启发式。第二,几个签名没有明确的病因,怀疑他们被计算工件而不是由于诱变过程。最后,方法签名分配很大程度上影响了签名的设置用于分析。为了克服这些限制,我们开发了解决(稳健估计突变签名通过正则化),一个框架,允许突变特征的有效提取和分配。解决实现了一种新型的算法,使(i)高效提取,(ii)暴露估计,和(3)信心评估期间的计算推理突变签名。

作者:丹尼尔Ramazzotti (aut)aut卢卡·德·佐(cre)

维修工:卢卡·德·佐< luca.desano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“解决”)

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文档

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HTML	R脚本	RESOLVE.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,软件,SomaticMutation
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Biostrings,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5data.table,GenomeInfoDb,GenomicRanges,ggplot2 glmnet gridExtra,IRanges、救生设备、方法MutationalPatterns,平行nnls reshape2,S4Vectors
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle、testthat knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/danro9685/RESOLVE
BugReports	https://github.com/danro9685/RESOLVE/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RESOLVE_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	RESOLVE_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	RESOLVE_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RESOLVE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/解决
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RESOLVE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RESOLVE/
包下载报告	下载数据