RCSL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCSL

等级限制为单个细胞RNA序列数据相似性学习

Bioconductor版本:版本(3.16)

一种新的聚类算法和工具包RCSL(等级限制相似性学习)准确地识别各种细胞类型使用scRNA-seq数据从一个复杂的组织。RCSL认为所在地相似性和全球细胞之间的相似性来辨别细微的差别在相同类型的细胞以及细胞间较大差异的不同类型。RCSL使用斯皮尔曼等级相关的细胞与其他细胞表达载体来衡量其全球similar-ity,和自适应学习的邻居表示细胞局部相似性。细胞与其他细胞的整体similar-ity相似的线性组合其全球和地方相似。

作者:Qinglin梅(cre, aut], Guojun李(曾经),正昌Su(曾经)

维修工:Qinglin梅< meiqinglinkf 163. com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RCSL”)

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HTML	R脚本	RCSL包手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,DimensionReduction,RNASeq,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	RcppAnnoy,igraph,NbClust,Rtsne,ggplot2、方法、pracma,umapgrDevices图形,统计数据
链接
建议	knitr,rmarkdown,mclust,RcppAnnoy
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/QinglinMei/RCSL
取决于我
进口我
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包档案

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源包	RCSL_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	RCSL_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RCSL_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RCSL_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCSL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RCSL
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RCSL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCSL/
包下载报告	下载数据