RAREsim

DOI:10.18129 / B9.bioc.RAREsim

稀有变异遗传数据的模拟

Bioconductor版本:发行版(3.16)

可以使用RAREsim对模拟真实数据的罕见变异遗传数据进行单倍型模拟。RAREsim使用MAC箱中的预期变体数量(由默认参数提供或从目标数据估计)和大量罕见变体(如模拟的HAPGEN2)来概率地修剪变体。RAREsim生成单倍型，模拟真实的测序数据，包括变异总数、等位基因频谱、单倍型结构和变异注释。

作者:Megan Null [aut]， Ryan Barnard [cre]

维护者:Ryan Barnard

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RAREsim”)

超文本标记语言	R脚本	RAREsim装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	遗传学，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	nloptr
链接
建议	减价，ggplot2，BiocStyle，rmarkdown，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/meganmichelle/RAREsim
BugReports	https://github.com/meganmichelle/RAREsim/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RAREsim_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	RAREsim_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RAREsim_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RAREsim_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RAREsim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RAREsim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RAREsim/
软件包下载报告	下载数据