QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

量化和注释在短时间内读取R

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包提供了一个框架的量化和分析短的读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,校准和质量控制图的创建,量化的基因组区域。

作者:安妮塔我们(aut),夏洛特Soneson (aut),Dimos Gaidatzis (aut),迈克尔·施(aut (cre)

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QuasR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	介绍QuasR
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细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 4.3),并行,GenomicRanges,Rbowtie
进口	方法、grDevices图形,跑龙套、统计工具,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,Biobase,Biostrings,BSgenome,Rsamtools(> = 2.13.1),GenomicFeatures,ShortRead,BiocParallel,GenomeInfoDb,rtracklayer,GenomicFiles,AnnotationDbi
链接	Rhtslib(> = 1.99.1)
建议	Gviz,BiocStyle,GenomicAlignments,Rhisat2,rmarkdown knitr covr testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我	SingleMoleculeFootprinting
建议我	eisaR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QuasR_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.40.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	QuasR_1.39.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QuasR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/QuasR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
包下载报告	下载数据