- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- QDNAseq
QDNAseq
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.QDNAseq
染色体畸变的定量DNA测序
Bioconductor版本:发行版(3.16)
染色体畸变的定量DNA测序。将基因组划分为不重叠的固定大小的bin，计算每个bin中的序列reads数量，同时使用二维黄土校正来调整序列可映射性和GC含量，并过滤以去除基因组中的伪区域。分割和调用的下游步骤也分别通过包DNAcopy和CGHcall实现。
作者:Ilari Scheinin [aut]， Daoud Sie [aut, cre]， Henrik Bengtsson [aut]， Erik van Dijk [ctb]
维护人员:Daoud Sie
引文(从R内，输入引用(“QDNAseq”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“QDNAseq”)
| R脚本 | qdnnaseq简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，GenomeAnnotation，预处理，质量控制，测序，软件 |
| 版本 | 1.34.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年) |
| 许可证 | GPL |
| 取决于 | R (>= 3.1.0) |
| 进口 | 图形，方法，统计，utils，Biobase(> = 2.18.0),CGHbase(> = 1.18.0),CGHcall(> = 2.18.0),DNAcopy(> = 1.32.0),GenomicRanges(> = 1.20),IRanges(> = 2.2),matrixStats(> = 0.60.0),R.utils(> = 2.9.0),Rsamtools(> = 1.20),future.apply(> = 1.8.1) |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle(> = 1.8.0),BSgenome(> = 1.38.0),消化(> = 0.6.20),GenomeInfoDb(> = 1.6.0),未来(> = 1.22.1),平行(> = 1.28.1),R.cache(> = 0.13.0),QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ccagc/QDNAseq |
| BugReports | https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues |
| 全靠我 | GeneBreak，QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10 |
| 进口我 | 王牌，biscuiteer，HiCcompare |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | QDNAseq_1.34.0.tar.gz |
| Windows二进制 | QDNAseq_1.34.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | QDNAseq_1.34.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | QDNAseq_1.33.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QDNAseq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QDNAseq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/QDNAseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
