PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

使用目标短读排序的拷贝号调用和SNV分类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变异(SNVs)进行分类。PureCN设计用于靶向短读测序数据，与标准体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者:Markus Riester [aut, cre]， Angad P. Singh [au]

维护者:Markus Riester < Markus。里斯在novartis.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PureCN")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“PureCN”)

超文本标记语言	R脚本	最佳实践，快速启动和命令行使用
PDF	R脚本	PureCN R包概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，报道，ImmunoOncology，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),DNAcopy，VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer，S4Vectors，data.table， grDevices，图形，统计，效用，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，Rsamtools，Biobase，Biostrings，BiocGenerics，rtracklayer，ggplot2，gridExtra，futile.logger，VGAM、工具、方法mclust，rhdf5，矩阵
链接
建议	BiocParallel，BiocStyle，PSCBS，R.utils，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，copynumber，covr，knitr，optparse，org.Hs.eg.db，jsonlite，减价，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了	genomicsdb (> = 0.0.3)
URL	https://github.com/lima1/PureCN
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	PureCN_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	PureCN_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	PureCN_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PureCN_2.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PureCN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
包下载报告	下载数据