PoDCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.PoDCall

阳性液滴呼唤DNA甲基化液滴数字PCR

Bioconductor版本:发行版(3.16)

读取从QuantaSoft导出的文件，其中包含ddPCR(96孔板)的振幅值，并严格设置阈值，以确定每个井的每个通道的阳性液滴。然后计算每口井的浓度和归一化浓度以及其他指标。结果以表格形式返回，可选地写入文件，以及可选的图(散点图和直方图)，用于每个写入文件的井的两个通道。该软件包包括一个闪亮的应用程序，提供了一个交互式和用户友好的界面，PoDCall的全部功能。

作者:Hans Petter Brodal [aut, cre]， Marine Jeanmougin [aut]， Guro Elisabeth Lind [aut]

维护者:Hans Petter Brodal < Hans . Petter。Brodal在rr-research

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PoDCall”)

超文本标记语言	R脚本	PoDCall: DNA甲基化ddPCR液滴呼叫阳性
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文本		新闻

细节

biocViews	分类，CpGIsland，DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，软件，ddPCR
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)
进口	ggplot2，gridExtra，mclust，diptest，rlist，闪亮的，DT，LaplacesDemon，purrr，shinyjs，readr， grDevices, stats, utils
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PoDCall_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	PoDCall_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PoDCall_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PoDCall_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PoDCall
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PoDCall
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PoDCall/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PoDCall/
软件包下载报告	下载数据