PhyloProfile

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhyloProfile

PhyloProfile

Bioconductor版本:发行版(3.16)

系统发育谱是一种研究复杂系统发育谱的工具。系统发育谱，即一组物种中基因的存在/缺失模式，通常用于追踪跨物种和时间的基因功能和进化历史。有了系统发育图谱，我们可以用序列/结构相似性等进一步的数据来丰富常规的系统发育图谱，使系统发育图谱更有意义。除了由R-Shiny提供的交互式可视化功能外，该软件包还提供了一组进一步的分析功能，以获得诸如基因年龄估计或核心基因识别等见解。

作者:Vinh Tran [aut, cre]， Bastian Greshake Tzovaras [aut]， Ingo Ebersberger [aut]， Carla Mölbert [ctb]

维护者:Vinh Tran < Tran at bio.uni-frankfurt.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PhyloProfile”)

超文本标记语言	R脚本	PhyloProfile
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataRepresentation，FunctionalPrediction，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	猿，bioDist，BiocStyle，Biostrings，colourpicker，data.table，DT，能源，ExperimentHub，ggplot2，gridExtra，pbapply，RColorBrewer，RCurl，闪亮的，shinyBS，shinyFiles，shinyjs，OmaDB，plyr，xml2，动物园，yaml
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIONF/PhyloProfile/
BugReports	https://github.com/BIONF/PhyloProfile/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PhyloProfile_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	PhyloProfile_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PhyloProfile_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PhyloProfile_1.11.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhyloProfile
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhyloProfile
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhyloProfile/
软件包下载报告	下载数据