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PhosR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.PhosR
一套综合分析磷蛋白组学数据的方法和工具
Bioconductor版本:发行版(3.16)
PhosR是一个用于磷蛋白组学数据综合分析的软件包。PhosR有两个主要组成部分:处理和下游分析。PhosR包括各种用于磷蛋白组学数据的处理工具，包括过滤、imputation、归一化和推断活性激酶和信号通路的功能分析。
作者:杨鹏翼[aut]，金太云[aut, cre]，金哈尼捷恩[aut]
维护者:Taiyun Kim < Taiyun。Kim91在gmail.com>
引用(从R中，输入引用(“PhosR”)):
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PhosR")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“PhosR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | PhosR包的介绍 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 蛋白质组学，ResearchField，软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | ruv，e1071，dendextend，limma，pcaMethods统计数据,RColorBrewer，circlize，dplyr，igraph，pheatmap，preprocessCore，tidyr，rlang，图形，grDevices, utils，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocGenerics，ggplot2，GGally，ggdendro，ggpubr，网络，reshape2，ggtext |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr，rgl，系统网络体系结构(sna)，线索，directPA，rmarkdown，org.Rn.eg.db，org.Mm.eg.db，reactome.db，注释，BiocStyle，stringr，校准 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | PhosR_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | PhosR_1.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | PhosR_1.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | PhosR_1.7.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/PhosR |
| 源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/PhosR . bat |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PhosR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
