POWSC

DOI:10.18129 / B9.bioc.POWSC

单细胞RNA-seq的模拟、功率评估和样本量推荐

Bioconductor版本:发行版(3.16)

在高通量实验的设计阶段，确定足够的样本容量以检测统计显著性是至关重要的一步。尽管在差异表达(DE)的背景下，有许多方法和工具可用于微阵列和RNA-seq的样本量计算，但单细胞RNA测序领域的这一主题尚未得到充分研究。此外，scRNA-seq中存在的独特数据特征(如稀疏性和异质性)增加了挑战。我们提出了一种基于模拟的POWSC方法，为单细胞RNA测序DE分析提供功率评估和样本量建议。POWSC由一个数据模拟器和一个功率评估器组成，前者可以创建真实的表达式数据，后者提供功率和样本量关系的全面评估和可视化。

作者:苏克农[aut, cre]，吴昊[aut]

维护者:Kenong Su < Kenong。Su在emory.edu>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“POWSC”)

超文本标记语言	R脚本	POWSC用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)，Biobase,SingleCellExperiment,桅杆
进口	pheatmap,ggplot2,RColorBrewergrDevices,SummarizedExperiment,limma
链接
建议	rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	POWSC_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	POWSC_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	POWSC_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	POWSC_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/POWSC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/POWSC
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/POWSC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/POWSC/
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