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DOI:10.18129 / B9.bioc.PFP
通路指纹在R框架
Bioconductor版本:版本(3.16)
通路指纹的实现框架,介绍了论文“通路指纹:通路知识和基于拓扑结构的方法,生物标志物的发现和描述”。这种方法提供了一套系统的对比基因差异表达基因(如列表)并得到充分研究的“基本途径网络”(KEGG通路),测量的重要性通路和基因的基因集。包有助于研究人员发现生物标志物和它的功能。
作者:张XC (aut (cre)
维护人员:张XC < kunghero 163. com >
从内部引用(R,回车引用(“项目”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“项目”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“项目”)
| HTML | R脚本 | 途径:指纹生物标志物的发现基于基因表达数据的工具和途径知识 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 通路,RNASeq,软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (> = 4.0) |
| 进口 | 图,igraph,KEGGgraph,clusterProfiler,ggplot2,plyr,tidyr,magrittr、统计方法、跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,testthat,rmarkdown,org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/aib-group/PFP |
| BugReports | https://github.com/aib-group/PFP/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | PFP_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | PFP_1.6.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | PFP_1.6.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | PFP_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PFP |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/PFP/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PFP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
