Bioconductor版本:发行版(3.16)
在无性群体中进行前向群体遗传模拟的函数,特别关注癌症进展。适应度可以是多个基因或基因模块之间遗传相互作用的任意函数,包括上位性、突变积累的顺序限制和顺序效应。适应度(包括刚出生,刚死亡,或出生和死亡)也可以是其他基因型的相对频率和绝对频率的函数(即频率依赖性适应度)。基因之间的突变率可能不同,我们可以包括突变基因/反突变基因(以模拟突变表型)。模拟多物种场景和治疗干预,包括适应性治疗,也是可能的。模拟使用连续时间模型,可以包括驾驶员和乘客基因和模块。还包括用于:模拟在致癌树、连接贝叶斯网络和其他癌症进展模型中发现的随机dag类型的函数;从单个或多个模拟实现中绘制和采样,包括单细胞采样;绘制克隆体的亲子关系;生成随机的健身景观(粗糙的富士山,纸牌屋,添加剂,NK, Ising和Eggbox模型)并绘制它们。
作者:Ramon Diaz-Uriarte [aut, cre], Sergio Sanchez-Carrillo [aut], Juan Antonio Miguel Gonzalez [aut], Alberto Gonzalez Klein [aut], Javier Mu\~noz Haro [aut], Javier Lopez Cano [aut], Niklas Endres [ctb], Mark Taylor [ctb], Arash Partow [ctb], Sophie Brouillet [ctb], Sebastian Matuszewski [ctb], Harry Annoni [ctb], Luca Ferretti [ctb], Guillaume Achaz [ctb], Tymoteusz Wolodzko [ctb], Guillermo Gorines Cordero [ctb], Ivan Lorca Alonso [ctb], Francisco Mu\~noz Lopez [ctb],David Roncero Moro\~no [ctb]、Alvaro Quevedo [ctb]、Pablo Perez [ctb]、Cristina Devesa [ctb]、Alejandro Herrador [ctb]、Holger Froehlich [ctb]、Florian Markowetz [ctb]、Achim Tresch [ctb]、Theresa Niederberger [ctb]、Christian Bender [ctb]、Matthias Maneck [ctb]、Claudio Lottaz [ctb]、Tim Beissbarth [ctb]、Sara Dorado Alfaro [ctb]、Miguel Hernandez del Valle [ctb]、Alvaro Huertas Garcia [ctb]、Diego Ma\~nanes Cayero [ctb]、Alejandro Martin Mu\~noz [ctb]、Marta Couce Iglesias [ctb]、Silvia Garcia Cobos [ctb], Carlos Madariaga Aramendi [ctb], Ana Rodriguez Ronchel [ctb], Lucia Sanchez Garcia [ctb], Yolanda Benitez Quesada [ctb], Asier Fernandez Pato [ctb], Esperanza Lopez Lopez [ctb], Alberto Manuel Parra Perez [ctb], Jorge Garcia Calleja [ctb], Ana del Ramo Galian [ctb], Alejandro de los Reyes Benitez [ctb], Guillermo Garcia Hoyos [ctb], Rosalia Palomino Cabrera [ctb], Rafael Barrero Rodriguez [ctb], Silvia Talavera Marcos [ctb]
维护者:Ramon Diaz-Uriarte
引文(从R内,输入引用(“OncoSimulR”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“OncoSimulR”)
超文本标记语言 | R脚本 | OncoSimulR:在具有任意上位性相互作用的无性人群中进行正向遗传模拟,并专注于模拟肿瘤进展。 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiologicalQuestion,软件,SomaticMutation |
版本 | 4.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(八年) |
许可证 | GPL (>= 3) |
取决于 | R (>= 3.5.0) |
进口 | Rcpp(>= 0.12.4),平行,data.table,图,Rgraphviz,gtools,igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车,dplyr,smatr,ggplot2,ggrepel,stringr |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,knitr,Oncotree,testthat(> = 1.0.0),rmarkdown,bookdown,老鸨 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/ |
BugReports | https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues |
全靠我 | |
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链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | OncoSimulR_4.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | OncoSimulR_4.0.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | OncoSimulR_4.0.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OncoSimulR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/OncoSimulR/ |
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