OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

OmniPath web服务客户端等

Bioconductor版本:发行版(3.16)

OmniPath web服务(https://www.omnipathdb.org)和许多其他资源的客户端。它还包括转换和漂亮打印一些下载数据的函数，访问许多其他资源的函数，如BioPlex, ConsensusPathDB, EVEX，基因本体论，药理学指南(IUPHAR/BPS)， Harmonizome, HTRIdb，人类表型本体论，InWeb InBioMap, KEGG Pathway, Pathway Commons, Ramilowski等人2015,RegNetwork, ReMap, TF普查，rust和Vinayagam等人2011。此外，OmnipathR具有与NicheNet方法的密切集成，用于从转录组学数据中预测配体活性，其R实现' nichenetr '(仅在github上可用)。

作者:Alberto Valdeolivas [aut]， Denes Turei [cre, aut]，阿提拉·加博尔[au]

维护者:Denes Turei

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OmnipathR”)

超文本标记语言	R脚本	利用OmnipathR围绕药物靶点建立网络
超文本标记语言	R脚本	数据库管理器
超文本标记语言	R脚本	额外的属性
超文本标记语言	R脚本	OmniPath生物导体车间
超文本标记语言	R脚本	OmnipathR:用于OmniPath web服务的R客户端
超文本标记语言	R脚本	道路建设
超文本标记语言	R脚本	使用OmnipathR的NicheNet
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DataImport，DataRepresentation，GeneRegulation，GeneSignaling，GraphAndNetwork，KEGG，网络，通路，SingleCell，软件，SystemsBiology，ThirdPartyClient，转录组
版本	3.5.25
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	使彻底失败，蜡笔，旋度，消化，dplyr，httr，igraph，jsonlite，晚些时候，日志记录器，magrittr，进步，purrr，rappdirs，readr(> = 2.0.0),readxl，rlang，rmarkdown，房车统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，tidyselect，工具，utils，withr，xml2，yaml
链接
建议	BiocStyle，biomaRt，bookdown，dnet，ggplot2，ggraph，gprofiler2，knitr，mlrMBO，parallelMap，ParamHelpers，Rgraphviz，smoof，supraHex，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
全靠我
进口我	wppi
建议我	解耦
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	OmnipathR_3.5.25.tar.gz
Windows二进制	OmnipathR_3.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	OmnipathR_3.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	OmnipathR_3.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OmnipathR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/OmnipathR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OmnipathR/
软件包下载报告	下载数据