OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

OmniPath web服务客户端等

Bioconductor版本:发行版(3.16)

OmniPath web服务(https://www.omnipathdb.org)和许多其他资源的客户端。它还包括转换和漂亮打印一些下载数据的函数,访问许多其他资源的函数,如BioPlex, ConsensusPathDB, EVEX,基因本体论,药理学指南(IUPHAR/BPS), Harmonizome, HTRIdb,人类表型本体论,InWeb InBioMap, KEGG Pathway, Pathway Commons, Ramilowski等人2015,RegNetwork, ReMap, TF普查,rust和Vinayagam等人2011。此外,OmnipathR具有与NicheNet方法的密切集成,用于从转录组学数据中预测配体活性,其R实现' nichenetr '(仅在github上可用)。

作者:Alberto Valdeolivas [aut], Denes Turei [cre, aut],阿提拉·加博尔[au]

维护者:Denes Turei

引文(从R内,输入引用(“OmnipathR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“OmnipathR”)

超文本标记语言 R脚本 利用OmnipathR围绕药物靶点建立网络
超文本标记语言 R脚本 数据库管理器
超文本标记语言 R脚本 额外的属性
超文本标记语言 R脚本 OmniPath生物导体车间
超文本标记语言 R脚本 OmnipathR:用于OmniPath web服务的R客户端
超文本标记语言 R脚本 道路建设
超文本标记语言 R脚本 使用OmnipathR的NicheNet
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释DataImportDataRepresentationGeneRegulationGeneSignalingGraphAndNetworkKEGG网络通路SingleCell软件SystemsBiologyThirdPartyClient转录组
版本 3.5.25
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 使彻底失败蜡笔旋度消化dplyrhttrigraphjsonlite晚些时候日志记录器magrittr进步purrrrappdirsreadr(> = 2.0.0),readxlrlangrmarkdown房车统计数据,stringr宠物猫tidyrtidyselect,工具,utils,withrxml2yaml
链接
建议 BiocStylebiomaRtbookdowndnetggplot2ggraphgprofiler2knitrmlrMBOparallelMapParamHelpersRgraphvizsmoofsupraHextestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
全靠我
进口我 wppi
建议我 解耦
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 OmnipathR_3.5.25.tar.gz
Windows二进制 OmnipathR_3.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) OmnipathR_3.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) OmnipathR_3.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OmnipathR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/OmnipathR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/OmnipathR/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网